U盘中的文件夹被伪装成.exe文件，这种情况可能是由病毒或恶意软件造成的。这类问题不仅会扰乱正常的文件管理，还可能威胁到计算机的安全。以下是处理此类问题的几个步骤：

1. 立即断开U盘连接

首先，立即从电脑上安全地移除U盘，避免执行任何可能存在的恶意代码，减少对系统的影响。

2. 使用杀毒软件扫描

使用可靠的杀毒软件（如诺顿、卡巴斯基等）对U盘进行全面扫描。确保杀毒软件的病毒库是最新的，以便能够识别并清除最新的威胁。在进行扫描之前，最好先更新杀毒软件至最新版本。

3. 手动检查与恢复

如果杀毒软件未能解决问题，可以尝试手动检查U盘内容。在Windows资源管理器中，开启“显示隐藏文件和文件夹”选项，查看是否有隐藏的.exe文件伪装成文件夹。对于可疑的.exe文件，不要直接打开，而应使用杀毒软件进行扫描确认其安全性。

4. 使用专门的U盘修复工具

市面上存在一些专门针对U盘病毒的清理工具，如USBFix等，这些工具通常能够更有效地识别并清除特定类型的U盘病毒。下载并运行这些工具时，请确保来源可靠，避免引入新的风险。

5. 备份重要数据

在处理完疑似感染的U盘后，如果需要保留U盘上的数据，建议先备份所有重要文件至其他存储设备。在备份过程中，再次使用杀毒软件扫描备份文件，确保没有将病毒带入新的存储环境。

6. 格式化U盘

作为最后的手段，如果上述方法均无法解决问题，或者你已经确认U盘受到严重病毒感染，那么格式化U盘可能是唯一的选择。在格式化前，请务必完成数据备份。选择快速格式化而非完全格式化，可以更快地清除U盘上的所有数据，但请记住这将永久删除U盘上的所有文件。

通过以上步骤，你可以有效地应对U盘文件夹被伪装成.exe文件的问题，并尽可能地保护你的计算机免受潜在的威胁。